Il paese ha origini molto antiche dimostrate dal ritrovamento di tracce umane risalenti al neolitico e di un villaggio, che grazie alla sua posizione era un importante scalo portuale.
Nel III sec a. C. Polignano divenne un punto strategico per Taranto con cui ebbe importanti rapporti commerciali.
Il prestigio del paese crebbe notevolmente sotto il potere dei Normanni, grazie anche alla realizzazione di due monasteri, e successivamente sotto il dominio degli angioini si svilupparono intensamente le attività commerciali.

Tra i monumenti della città assume rilievo la Chiesa Matrice, dedicata a Santa Maria Assunta. La chiesa fu cattedrale fino al 1818, quando la piccola diocesi fu aggregata a quella di Monopoli. All'interno si può ammirare il presepe realizzato interamente in pietra.
Nella frazione di San Vito si trova, invece, l'importante abbazia dei Benedettini.
Importante è anche il ponte costruito nel 1836 dove si può ammirare la città vecchia costruita su un masso roccioso forato dalla natura, sull'Adriatico.
Si può ammirare poi, la Torre del Trullo, una particolare costruzione, che all'esterno ha la forma di una torre, mentre all'interno quella di un trullo.